在《轩辕剑之天之痕》中，玩家将扮演两位主角。一位是陈靖仇，轩辕剑传承者，背负着拯救苍生的使命；另一位是于小雪，西域女祭司，拥有预知未来的能力。

故事发生在公元1000年，北宋开宝年间。一场突如其来的天灾让中原大地陷入危机，而这一切的幕后黑手是魔界妖皇。为了阻止魔界的邪恶计划，陈靖仇和于小雪踏上了寻找轩辕剑的旅途。

途中，他们遇到了形形色色的同伴和敌人。有忠肝义胆的张烈，也有阴险狡诈的独孤宁珂。他们经历了无数的挫折和磨难，但他们始终不放弃希望。

随着剧情的深入，陈靖仇和于小雪逐渐发现了自己的身世之谜。他们原来是天界神将转世，肩负着拯救苍生的使命。然而，随着真相的揭开，他们也面临着艰难的抉择。

是选择牺牲自己，拯救苍生？还是遵循自己的心愿，追逐自己的幸福？

这个千古难题，留给了玩家自己去解答。