轩辕剑之天之痕的故事发生在西汉末期，讲述了身负纯阳之血的陈靖仇、身怀魔煞之力的于小雪以及神秘女子紫萱三人之间的爱恨纠葛。

游戏伊始，汉武帝炼丹求仙，却不慎放出上古魔神蚩尤。陈靖仇奉师命下山除魔，却意外与于小雪相识。两人都拥有特殊的身世，陈靖仇是古老陈氏一族的后裔，而于小雪则是魔界公主。

随着剧情的发展，三人卷入了人魔仙三界的纷争中。陈靖仇背负着拯救苍生的使命，于小雪对抗着自己魔族的宿命，而紫萱则在两人之间左右为难。

在天之痕的见证下，陈靖仇和于小雪经历了无数的磨难和抉择。他们既有相亲相爱的甜蜜，也有忍痛别离的苦楚。在一次又一次的时空穿梭中，他们的命运紧紧交织在一起。

最终，陈靖仇和于小雪用自己的爱与牺牲封印了蚩尤，拯救了三界。但他们的结局却让人唏嘘不已，陈靖仇身死道消，于小雪永世孤寂。