《真假学园》第二季的故事发生在第一季结束后的一个月后，谎称自己是学霸的南乡子终于暴露了自己的真实身份，被学校开除，但女主角时雨却选择相信他，并找到机会让他重新回到学校。

回到学校的南乡子与时雨组成了搭档，开始调查一起起校园谜案，从一开始的“幽灵事件”到后来的“匿名恐吓信”，每一桩谜案都藏着不为人知的秘密。在推理的过程中，南乡子逐渐成长，从一个只会耍小聪明的骗子蜕变成一个真正的侦探。

除了推理元素外，《真假学园》第二季还加入了更多的恋爱喜剧元素，南乡子和时雨之间的感情线愈发明朗，其他角色也有着各自的感情纠葛。校园中发生的各种趣事和恋爱故事，让这部动画充满了欢声笑语。

在动画的制作方面，《真假学园》第二季延续了第一季的高水准，画面精良、人物可爱，声优阵容豪华。动画的配乐也十分出色，每一首背景音乐都与剧情完美契合。

总体来说，《真假学园》第二季是一部非常优秀的校园恋爱推理动画，它既有烧脑的推理剧情，又有甜蜜的恋爱故事，再加上精良的制作，一定会让观众大呼过瘾。