《囚徒》的故事始于凯勒·多弗（休·杰克曼饰），一位绝望的父亲，他的六岁女儿和她的朋友在感恩节那天神秘失踪。警方很快就逮捕了一名可疑的嫌疑人阿列克斯·琼斯（保罗·达诺饰），但缺乏证据无法指控他。

凯勒不愿接受女儿可能已经死亡的事实，他决定采取极端措施。他绑架了阿列克斯，并对他在监狱里进行了严酷的拷问， hoping to force a confession out of him.

与此同时，一名警探洛基（杰克·吉伦哈尔饰）被指派调查凯勒的失踪女儿案。洛基是一位有原则的警察，他不赞同凯勒的暴力做法，但他也意识到阿列克斯可能涉案。

随着案件的深入调查，凯勒和洛基都发现了监狱内部黑暗的秘密。他们目睹了腐败、暴力和囚犯之间的残酷行为。影片还深入探讨了人性中的阴暗面，以及人们在绝望和暴力面前的反应。

最终，影片以一个令人震惊的转折结束，揭示了失踪女孩的真实命运以及凯勒为了找到她们所付出的代价。