《新白发魔女传》的故事发生在明朝万历年间，讲述了江湖中人卓一航与练霓裳凄美动人的爱情故事。

在一次剿匪行动中，峨眉派弟子卓一航遇到了魔教圣女练霓裳，并对她产生了爱慕之情。然而，由于两派势不两立，卓一航和练霓裳不得不压抑自己的感情。

随着时间的推移，卓一航和练霓裳的爱情愈发深厚。但是，他们的恋情遭到了峨眉派掌门灭绝师太的强烈反对。灭绝师太认为练霓裳是妖女，会玷污峨眉派的声誉。

卓一航夹在正邪之间，左右为难。最终，他决定与练霓裳私奔。然而，他们的私奔遭到了灭绝师太的追杀。在一番激战之后，练霓裳身受重伤。

卓一航为了救练霓裳，不惜与峨眉派决裂。他带着练霓裳来到了魔教圣地，并向魔教教主提出挑战。在挑战中，卓一航身负重伤，吐血而亡。

练霓裳悲痛欲绝，化作白发魔女。她率领魔教余孽对抗峨眉派，为卓一航报仇。最终，练霓裳死在了灭绝师太的剑下。